癌症研究机构采用了由连接到 IBM TotalStorage FAStT500 Storage Server 的 IBM eServer pSeries 与 IBM eServer xSeries 服务器所组成的混合式 SuSE Linux 集群,并且利用该集群来运行链接了多个进行更深层比较研究所需的数据源的 IBM Discoverylink。
客户URL:www.hutchison-mrc.cam.ac.uk/research.html
客户背景:Hutchison/MRC 研究中心是一所新的癌症研究机构,该机构是在剑桥大学医学研究委员会 (MRC) 与癌症研究运动(现称为英国癌症研究组织)之间的协作下诞生的。其目标是发现对癌症的新见解和治疗方法,并在临床环境中运用这一知识。该组织将新兴的计算基因组技术作为一种工具来钻研癌症诱因和该疾病的病程。
业务需求:为在数学建模和基因排序技术的使用方面为 Hutchison/MRC 研究中心提供支持,剑桥大学需要一种高性能计算 (HPC) 解决方案。该组织正在寻求 64 位计算环境与 Linux 的组合,以便处理庞大的序列数据集和经济高效的 32 位 Linux 集群。因此,获得了运行大规模建模与分析工作的能力后,该研究机构将能够:
鉴别新型癌症基因
在功能上表现癌症基因的特征
进行乳癌的分子谱
识别胃癌的基因诱因
解决方案
IBM Life Sciences 建议采用由强大的 64 位 IBM eServer pSeries 640 数据管理头节点组成的混合式 Linux 集群以及 17 个 xSeries 330 32 位计算机节点的集群。该集群与 FAStT500 Storage Server 相结合,可容纳基因组和实验室数据集,并可建立一个工作空间来进行分析。IBM 硬件的配置不仅确保了大型数据集所需的灵活性和空间密度,同时还提供了卓越的性价比。
该解决方案运行于 SuSE Linux Enterprise Server 7 版以及 AIX 5/L 的 Linux 亲合力。当获得 64 位应用内核时,该大学计划将该解决方案迁移到本地 Linux 中。
在该平台上,IBM Discoverylink 提供了用以集成全异实验室与研究数据源的工具。比较遗传学是理解人类基因组中基因功能与规则的一种强大方式。
在过去九年中,剑桥癌症遗传学小组河豚"Fugu Rubripes"建立为模型基因组。该大学参与了基因组的排序、组合及注解,并已开发出了自己的生物信息应用来支持这种分析。这些应用由与 IBM Discoverylink 相链接的数据源所组成。IBM 的 Linux 产品和兼容的 xSeries 与 pSeries 硬件系列是此次实施成功的关键因素。
2003 年,剑桥生物研究院 (CCBI) 选择将其 pSeries 服务器升级到新的 IBM eServer pSeries 655 服务器。选择该解决方案的原因是由于其卓越的单个处理器性能、极具吸引力的低廉价格,以及体积小、功耗低等特点。
先前的系统为三个帧,带有 14 个高节点,而新的 pSeries 655 解决方案将此整合成两个帧,带有 8 个节点。CCBI 保留了两个旧的高节点来管理 1TB 通用并行文件系统 (GPFS)。
该系统的用户为各个领域的科学家,其中包括高能物理学家、工程师、分子生物学家以及遗传学家。该数据主要为在集群以外创建的临时研究数据。此外,存储子系统主要用作作业队列和工作数据。
该解决方案的优势
对基因序列和分子数据的更快分析使该研究机构能够更快速地洞悉癌症的遗传效应。不同来源的现有数据可通过新的模型和技术进行处理,以发现先前没有检测到的模式。这意味着该机构能够更好地鉴别癌症诱因,并能够更好地预测出单个治疗响应。
依靠 IBM 来提供该解决方案,剑桥大学不仅能够从 pSeries 与 xSeries 创新的混合式集群中获益,而且能够充分利用在生命科学领域中精湛的专业知识。IBM Life Sciences 的深入见解有助于确保该研究机构获得完全适合它需求的解决方案。
更新的 IBM pSeries 655 解决方案利用 2/3 的空间提供了同样的功效,从而实现了空间的升级。尽管此基础设施的研究优势还没有完全实现,但 CCBI 非常自信,新的解决方案必将使其占据研究领域的领先地位,并将吸引全球各地的顶级研究人士。此外,CCBI 非常满意 IBM 在提供极具吸引力的融资以及高端解决方案方面所采取的战略观点。
原文链接:http://www-900.ibm.com/cn/products/servers/pseries/plinux/cambridge.shtml
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